Parte sustancial de estudios y soluciones propuestas para la protección de los conocimientos indígenas se enmarca en dos corrientes, la primera son los derechos de propiedad intelectual.  Los gobiernos, a través del Comité Intergubernamental sobre Propiedad Intelectual, Recursos Genéticos y Conocimientos Tradicionales de la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual buscan desarrollar un instrumento internacional en el marco de la propiedad intelectual. Algunos estados han desarrollado instrumentos defensivos (como bases de datos y diversas formas de documentación) o instrumentos sui generis  (como leyes de protección de expresiones culturales, o regímenes que incluyen la protección de variedades vegetales locales). Alternativas de protección dentro del enfoque de derechos de propiedad intelectual ha resultado ser limitado o contraproducente en muchos casos. 
La segunda corriente se enfoca en los derechos soberanos del Estado sobre acceso y distribución de los beneficios del acceso a los recursos genéticos (ADB). Este enfoque ha aclarado el cambio de paradigma sobre la biodiversidad ocurrido al final del siglo cambiando el principio patrimonio común de la humanidad hacía los derechos soberanos de los países de origen sobre su biodiversidad y recursos genéticos.  En el ejercicio de sus derechos soberanos sobre la biodiversidad, la Comunidad Andina (Bolivia, Ecuador, Colombia y Perú) estableció el primer régimen de acceso regional a través de la Decisión 391 de 1996. Esta corriente respalda la soberanía de los estados pero al mismo tiempo deja sin protección los derechos de los pueblos indígenas, afrodescendientes y comunidades locales sobre sus conocimientos tradicionales asociados a la biodiversidad (CTB). 
Estas dos corrientes han propuesto y diseñado mecanismos de protección excluyendo las visiones, las preocupaciones y derechos de los pueblos indígenas, afrodescendientes y comunidades locales. El hecho de que los CTB permanezcan sin protección ilustra la ineficacia de los dos corrientes dominantes en la política pública y en la legislación sobre la biodiversidad.